Краткое описание генома вируса Pipistrellus bat coronavirus HKU5

Представитель рода Pipistrellus [3]

Коронавирус HKU5 (вид Pipistrellus bat coronavirus HKU5, штамм HKU5-1 LMH03f), вызывающий заболевания у летучих мышей (вид P. pipistrellus), является родственным группе коронавирусов, опасной для человека и ставшей причиной возникновения эпидемии в двадцать первом веке (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV)). Данный коронавирус относится к РНК-вирусам и принадлежит к роду бетакоронавирусов (Betacoronavirus). Это родство удалось установить путем анализа генома коронавируса летучих мышей и сравнения его с геномом коронавируса человека. В результате этого анализа учёные сделали предположения о том, что коронавирусы, вызывающие заболевания у человека, произошли от коронавирусы летучих мышей и что примерное время возникновения общего предка у этих видов соответствует дате 400-500 лет назад [1]. Впервые коронавирс HKU5 был обнаружен в организме японского нетопыря (Pipistrellus abramus) в Гонконге. На сегодняшний день отсеквенированы главные компоненты вируса, в том числе РНК-зависимая РНК-полимераза, капсид и некоторые другие белки (к примеру, spikes - характерные белки, расположенные на капсиде, за счёт которых вирусы этой группы под электронным микроскопом напоминают корону) [2].

В таблице 1 приведены некоторые важные количественные и качественные показатели, характеризующие вид Pipistrellus bat coronavirus HKU5.

Таблица 1. Основные параметры генома Pipistrellus bat coronavirus HKU5

Параметр
Значение
Английское (или латинское) название вируса
Pipistrellus bat coronavirus HKU5
(Bat-CoV HKU5)
Русское название вируса
Коронавирус малого нетопыря
Количество фрагментов в полном геноме
1
Общая длина генома (п.н.)
30482
Количество кодируемых в геноме полипептидов
9
Количество "зрелых" вирусных белков
9

Здесь представлена последовательность кратчайшего полипетида, информация о синтезе которого заложена в геноме вируса. 

>YP_001039967.1 Small membrane protein
MLPFVQEQIGAFIVNFFILSVVCAVTLVVCLAILTAIRLCVQCVSGCHTLVFLPAVHIYN 
TGRAAYVKFQESHPPYPPEDWV

Источники:

[1] Ben Hu, Xingyi Ge, Lin-Fa Wang and Zhengli Shi, Bat origin of human coronaviruses, Virology Journal, 12:221, 2015.
[2] Susanna K. P. Lau et al, Genetic Characterization of Betacoronavirus Lineage C Viruses in Bats Reveals Marked Sequence Divergence in the Spike Protein of Pipistrellus Bat Coronavirus HKU5 in Japanese Pipistrelle: Implications for the Origin of the Novel Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus, J Virol, 87(15):8638–8650, 2013.
[3] http://www.arkive.org